一般牙周病治療可分為非手術性和手術性。醫生會透過檢查及評估，再按照病人的病情，擬定適切的治療方案。

非手術治療即牙根刮治（深層洗牙），通過儀器刮除發炎組織，讓牙周健康的組織能在短時間內長回來。

對於較嚴重的牙周病，或是牙齦厚實經由非手術治療不易達到良好效果者，就會進行牙周手術改善牙周病的情況。

牙周病手術主要分成兩類，牙肉翻瓣手術及牙周再生手術，更深入地把發炎組織處理乾淨，防止發炎繼續惡化。